Изначально для шпрот использовали только балтийскую кильку, потому что она считается лучшей для этого вида консервов. 24

Кильку вылавливают в зимний сезон, с ноября по март, когда рыба нагуляла жир и округлилась. 1 При консервации мясо такой кильки получается сочным и нежным. 4 В то же время летняя рыба не подходит для шпрот, так как она сухая и горькая. 4

Позже для производства шпрот стали использовать и другую мелкую рыбу: хамсу, тюльку, некрупную салаку. 2 При этом наиболее вкусными считаются консервы из кильки, так как салака имеет иную структуру мышц и получается более жёсткой и сухой. 4