Муксун внешне похож на веретено. 2 Его туловище вытянутое и приплюснутое с боков. 2 Спина чаще всего тёмная, даже чёрная, бока серебристые, а брюхо белое. 2 У матерых особей на спине выделяется горб. 3 Голова слегка притупленная, нижняя челюсть в сравнении с верхней челюстью заметно выдается вперёд. 3

Также есть мнение, что запах муксуна напоминает свежий, только что сорванный огурец. 1

Внешне муксун похож на менее ценные сорта рода пресноводных сиговых — щокура (чира) и сига-пыжьяна. 1

Средний вес взрослого муксуна — от 1 до 2 кг, но есть и более крупные представители этого вида, достигающие 4 кг, а иногда встречаются рыбы-гиганты весом до 13,8 кг. 5