Муксун не является полностью бескостной рыбой, но мышечных костей в нём значительно меньше, чем у многих других рыб. 2

Скелет муксуна состоит из хребтовых и рёберных костей, а мелкие кости в спинном мясе отсутствуют полностью. 2 Это делает удобным разделку рыбы и приготовление блюд: мясо легко отделяется от костей, тушку перед готовкой легко филировать. 2

Однако, по отзывам, костей в муксуне, как и в любой речной рыбе, довольно много, но всё же не так много, как в карпе или окуне. 3 Если рыбные кости отпугивают, можно выбрать рыбу покрупнее — кости в ней тоже будут крупными и их будет легче извлечь. 3