Помимо классической греческой, существуют различные варианты мусаки, например:

• Турецкая мусака. 1 В ней не используется соус бешамель, а блюдо посыпают тёртым турецким сыром или йогуртом. 1 Часто в такую мусаку добавляют грибы, зелёный перец и морковь. 1
• Сербская мусака. 1 Похожа на турецкую, но отличается специями и использованием сливочного масла для обжаривания овощей. 1 Обычно подаётся с солёными огурцами или туршией. 1
• Болгарская мусака. 1 Похожа на сербскую, но в неё добавляют яйцо, которое смешивают с фаршем перед обжариванием. 1 Часто такая мусака содержит грибы и зелёный горошек. 1
• Румынская мусака. 1 В качестве начинки здесь используют яблочный мусс вместо фарша. 1 В блюдо также добавляют сладкий перец, лук и помидоры. 1
• Армянская мусака. 1 Известна как «пасуц толма». 1 Состоит из слоёв жареного баклажана, перца, помидоров и лука. 1 Не содержит фарша и отличается лёгким и свежим вкусом. 1
• Ливанская мусака. 3 В этой версии используют нут, который тушится в томатном соусе с пряностями. 3 Баклажаны тоже присутствуют, но их не запекают, а обжаривают. 3
• Постная мусака. 2 В таком варианте не используют молочный соус бешамель, а мясо заменяют на другие сочетания продуктов. 2 Это могут быть обжаренные грибы с луком в томатном соусе, отварной рис, смешанный с жареным луком и чесноком, варёный нут или фасоль с жареным луком, чесноком, зеленью и специями, тушёная дикая зелень с луком и чесноком в томатном соусе. 2