Помимо курицы и говядины, для начинки энчиладас могут использоваться, например:

• Индейка. 1 В таком варианте в состав входят тортильи, индейка, сыр, оливковое масло, репчатый лук, чеснок, йогурт, перец чили (без семян), помидоры, зелень кориандра, майоран, соль. 1
• Креветки. 1 Для начинки используют крупные очищенные креветки, соль, помидоры в собственном соку, томатный соус, чили (адобо соус), сахар, растительное масло, чеснок (измельчённый), кумин (молотый), сок лайма, стебли сельдерея, тёртый сыр. 1
• Козий сыр. 2 Для начинки козий сыр смешивают с чесноком, зеленью, соком лайма и мексиканским твёрдым сыром. 2

Также в качестве начинки для энчиладас могут выступать яйца, овощи или грибы. 45