Классическая начинка для аджарских хачапури обычно включает молодой имеретинский сыр или его смесь с сулугуни. 24

Имеретинский сыр — молодой, не выдержанный, он похож на брынзу, но не такой резкий. 2 Сулугуни, в свою очередь, имеет другую консистенцию: не рассыпчатый и не творожистый, а чуть подплавленный. 2 Его кладут сверху имеретинского сыра, чтобы при расплавлении сулугуни создавал корочку и закрывал сочный, чуть мокрый имеретинский сыр. 2

От других видов сыра классическая начинка для аджарских хачапури отличается тем, что для неё не используют зрелые сыры, так как они тянутся, а в остывшем состоянии приобретают совсем другую консистенцию. 1 Если сыр слишком солёный, его вымачивают в воде от 2 до 5 часов и добавляют творог. 1

Также в традиционных рецептах в начинку добавляют яйцо — оно делает её пастообразной и нежной. 1