Классическая мусака, в частности греческая, отличается от современных вариантов, например, использованием соуса бешамель. 15 В изначальном варианте блюда этого соуса не было, его добавил шеф-повар Николаос Целементес, который в 1920-х годах усовершенствовал народный рецепт и опубликовал его в своей кулинарной книге. 24

В разных странах существуют свои варианты мусаки, которые могут отличаться, например:

• Турецкая мусака. 1 В ней не используется соус бешамель, а блюдо посыпают тёртым турецким сыром или йогуртом. 1 Часто в такую мусаку добавляют грибы, зелёный перец и морковь. 1
• Сербская мусака. 1 Похожа на турецкую, но отличается специями и использованием сливочного масла вместо масла для обжаривания овощей. 1 Обычно подаётся с солёными огурцами или туршией. 1
• Болгарская мусака. 1 Похожа на сербскую, но в неё добавляют яйцо, которое смешивают с фаршем перед обжариванием. 1 Часто такая мусака содержит грибы и зелёный горошек. 1
• Румынская мусака. 1 В качестве начинки вместо фарша используют яблочный мусс. 1 В блюдо также добавляют сладкий перец, лук и помидоры. 1
• Армянская мусака. 1 Состоит из слоёв жареного баклажана, перца, помидоров и лука. 1 Не содержит фарша и отличается лёгким и свежим вкусом. 1