Балканская версия мусаки отличается от классической греческой тем, что в балканской мусаке вместо баклажанов используют картофель. 15

Балканская мусака представляет собой картофельную запеканку с мясом, молочными продуктами и яйцами. 1 Мясо может быть говядиной или свининой. 2 Соус — йогурт, смешанный с яйцами, иногда с мукой для густоты. 2

В балканском варианте часто встречаются другие овощи: лук, капуста, кабачки. 3 В Хорватии в мусаку добавляют лапшу и грибы. 3

При этом существуют региональные вариации балканской мусаки, и в некоторых случаях в ней могут использоваться баклажаны, как в Греции. 1