Возможно, имелись в виду различия между крупеником и запеканкой в целом.

Крупеник — это запеканка из крупы, чаще всего гречневой, пшеничной или манной. 1 В основе блюда — каша, в которую добавляют другие ингредиенты, например творог, сметану, яйца, сливочное масло. 1

Запеканка — более широкое понятие, в качестве наполнителя в ней может быть что угодно: от макарон до мяса. 2

Таким образом, основное отличие в том, что крупеник базируется на крупе, а в запеканке «наполнителем» может быть любой продукт. При этом и крупеник, и запеканку обычно запекают в духовке. 2