Да, указание в строке 6 «Покупатель» счёта-фактуры наименования обособленного подразделения может быть расценено налоговыми органами как нарушение порядка заполнения. 1 Это повлечёт отказ в налоговом вычете. 1

При реализации товаров (работ, услуг) обособленному подразделению счёт-фактура выставляется в адрес головной организации, наименование которой и должно быть указано в строке 6 «Покупатель». 14

Однако есть и другая точка зрения: ошибки в счетах-фактурах, не препятствующие налоговым органам идентифицировать продавца, покупателя товаров (работ, услуг), наименование товаров (работ, услуг), их стоимость, ставку и сумму НДС, не могут являться основанием для отказа в налоговом вычете. 1 Поэтому указание в строке 6 счёта-фактуры наименования подразделения вместо наименования головной организации идентификации покупателя не мешает. 1

Для получения более точной информации о конкретной ситуации рекомендуется обратиться к налоговым органам.