В Google и Яндекс разное количество проиндексированных страниц может быть связано с различием алгоритмов оценки сайта. 12 Поисковые системы по-разному определяют, какие страницы заслуживают внимания. 1

Некоторые другие причины разницы:

• Новый сайт. 4 Если ресурс создан недавно, поисковые роботы ещё не успели просмотреть все страницы. 4
• Отсутствие карты сайта (sitemap). 4 XML-файлы с информацией упрощают путь к страницам сайта и ускоряют процесс индексации. 4
• Ошибки на сайте. 4 Регулярно в панели веб-мастеров можно находить оповещения об ошибках, в том числе и о проблемах с индексацией. 4
• Ошибки с robot.txt. 4 Текстовый документ в специальной кодировке даёт рекомендации поисковому роботу. 4 Иногда случайно можно закрыть от индексации нужные страницы. 4
• Дубли страниц и неуникальный контент. 4 Робот тратит время на прохождение сайта и, видя дублированный контент или скопированный с другого ресурса, делает вывод, что сайт неполезен. 4

Небольшая разница в количестве страниц (до 10%) не критична, но если она велика, стоит провести аудит сайта на предмет поиска критических ошибок. 1