Некоторые причины, по которым степные реки Кубани зарастают и заболачиваются:

• Распахивание водосборных площадей. 15 С ливневыми водами распаханные земли поставляют в реки смытую почву, пестициды, тяжёлые металлы, органическое вещество, азот, фосфор и другие биогены. 5
• Перегораживание русел плотинами. 14 Многочисленные плотины и дамбы превратили реки в каскады прудов, что снизило скорость потока и уменьшило уклон водной поверхности. 3 Иловые отложения сокращают полезную ёмкость водоёмов, уменьшают их глубины и способствуют зарастанию и заболачиванию. 3
• Сброс сточных вод. 5 В степные реки сбрасывают сточные воды промышленные и коммунальные предприятия, животноводческие комплексы. 5 На водосборах отдельных рек расположено большое количество бытовых или смешанных свалок, которые не оборудованы очистными системами. 5
• Разрушение дернины при перевыпасе скота. 5 Это способствует росту тростника обыкновенного, который формирует непроходимые заросли в местах, покрытых водой и с высоким залеганием грунтовых вод. 5

Для решения проблемы необходимо провести ряд мер, в том числе паспортизацию плотин, дноуглубительные работы, расчистку русел рек от лишних зарослей водной растительности, высадку лесонасаждений вдоль берегов и контроль за распашкой земель в водоохранных зонах. 4