Нельзя однозначно утверждать, что река Упа считается одной из самых чистых рек Московской области.
Однако есть информация о том, что в верхнем течении вода в реке Упа сильно загрязнена, ниже по течению — загрязнена в меньшей степени. 1
Это связано с тем, что в бассейне реки действует много промышленных объектов, которые отводят сточные воды в русловую сеть. 1 В частности, на берегах Упы находятся крупные предприятия, такие как Тульский машиностроительный завод, Тульский оружейный завод и Тулачермет. 1
В период с 2015 по 2018 год качество воды на разных участках реки Упы значительно ухудшилось: вода перешла из класса-разряда 3Б «Очень загрязнённая» в разряд 4А «Грязная». 1
В 2020 году сообщалось о проведении работ по очистке русла Упы, которые включались в федеральный проект «Сохранение уникальных водных объектов». 23 Для этого использовали специальную технику, которая удаляла со дна отложения ила и сорную растительность. 2