Реки в Московской области считаются одними из самых чистых в России благодаря некоторым факторам:

• Наличие чистых участков. 15 По данным Министерства природных ресурсов РФ, к таким водоёмам относятся участок реки Осетр около посёлка Городня и Иваньковское водохранилище около Дубны. 15
• Низкий уровень донных отложений. 2 В 2016 году независимая лаборатория по заказу Минэкологии Московской области провела геохимическое исследование, в результате которого замеры высоты донных отложений показали, что в большинстве рек она не превышает 8 сантиметров, то есть укладывается в границы нормы. 2 Исключениями стали река Отра, в которую сбрасываются сточные воды с четырёх предприятий Раменского района (высота отложений около 15 см), а также реки Сеченка (Павлово-Посадский район), Гжелка (Раменский район) и Берёзовка (Наро-Фоминский район) — 10–12 см. 2

По данным на 2016 год, самыми чистыми реками в Подмосковье по концентрации тяжёлых металлов оказались Дорки (Ступинский район) и Шувойка (Орехово-Зуевский район). 2