Перец рекомендуется сажать в отдельные ёмкости по нескольким причинам:
  - Предотвращение деформации стержневого корня.                                                                          vk.com                       У перца активно растёт стержневой корень, и если ему будет мало места в рассаде, он начнёт деформироваться, что влияет на урожай.                                                                          vk.com                      
  - Развитие корневой системы.                                                                          7dach.ru                       В небольшом пространстве корневая система закручивается в клубок и после пересадки на место долго не разрастается вглубь и вширь.                                                                          7dach.ru                      
  - Лёгкая пересадка на постоянное место.                                                                          7dach.ru                       Когда приходит время пересадки на постоянное место, растение в отдельной ёмкости имеет довольно большую и хорошо развитую корневую систему, а потому переносит пересадку легче.                                                                          7dach.ru                      
  
 При этом перец не следует сажать в слишком маленькие ёмкости: объём стакана должен быть как минимум 0,5 л, а ещё лучше 1 л.                                                                          7dach.ru