Озеро Ильмень считается одним из самых чистых водоёмов Европы благодаря тому, что его вода полностью обновляется каждые 1,5–2 месяца. 13 Это происходит из-за большого количества впадающих в озеро рек. 35

Кроме того, по данным шведских учёных, концентрация тяжёлых металлов в озёрных осадках и рыбе Ильменя ниже, чем в горных озёрах Швеции, которые считаются эталоном чистоты. 2 Это связано с тем, что район не был сильно индустриализирован, сравнительно невелико использование удобрений и пестицидов. 2

Также вокруг Ильменя сохранилась уникальная экосистема, которая оздоравливает окружающую среду, поглощая и нейтрализуя вредные вещества. 2