Мзымта считается одной из чистых горных рек России, возможно, благодаря чистоте воды в истоках: у самых истоков река имеет вид горного ручья, падающего с крутизны каскадами чистой и прозрачной холодной воды. 4
Также в низовьях Мзымты уровень минерализации достигает 200 мг/л за счёт минеральных источников, расположенных в речном бассейне. 2
Однако есть и мнение, что в городе вода в Мзымте более грязная, чем в горах. 5 По словам некоторых пользователей, это связано с тем, что тающий снег несёт в долину глину, землю, прошлогоднюю листву и ветки. 5