Хартум называют важным транспортным узлом Судана, потому что это место пересечения нескольких железнодорожных линий и речных путей. 1

Через город проложены автодороги Рабак — Порт-Судан, Сеннар — Хартум — Вади-Хальфа — граница с Египтом и другие. 2 Также через Хартум проходит железнодорожная линия Эд-Дамазин — Вади-Хальфа. 2

Кроме того, Хартум является крупным речным портом, по реке Нил вывозится значительная доля товаров, производимых в стране, и доставляется большая доля импорта. 1

Ещё в центре города расположен международный аэропорт, откуда выполняются рейсы в аэропорты Судана (Порт-Судан, Кассалу и др.) и за рубеж (Каир, Дубай, Абу-Даби, Стамбул, Аддис-Абебу, Найроби и др.). 2