Губкинский считается городом с уникальным расположением в арктическом регионе, потому что он находится в близком удалении от основных нефтегазовых месторождений, которые являются самыми северными в Западной Сибири и признаны уникальными по своим свойствам и перспективными по запасам. 12

Город расположен на левом берегу реки Пякупур, в 200 километрах к югу от Северного полярного круга в северо-восточной части Западно-Сибирской равнины, в лесотундровой зоне. 23

Кроме того, Губкинский связан с крупнейшими городами Западной Сибири и всей страны автомобильной и железнодорожной магистралями: в 16 километрах от города находится железнодорожная станция Пурпе на линии Тюмень — Сургут — Новый Уренгой. 12