Некоторые причины снижения популяции нельмы в российских водоёмах:

• Высокая промысловая нагрузка. 1 Например, в 1990-е годы негативное влияние на запасы кубенской нельмы оказал лов рыбы ставными сетями. 1
• Ухудшение условий обитания и воспроизводства. 1 Это происходит из-за загрязнения озера и его нерестовых притоков при сбросе сточных вод, многолетнем сплаве древесины, судоходстве. 13
• Природные особенности водоёмов. 1 Например, мелководность, зарастание и заиливание, а также высокая численность в озере хищных рыб — щуки, судака, окуня. 13
• Последствия глобального потепления климата. 13 Они снижают показатели выживаемости молоди нельмы как холодноводного вида. 1
• Строительство плотин и дамб. 2 Оно влияет на уровень воды в нерестовых реках. 2