Основные экологические проблемы реки Упа:

• Загрязнение воды. 14 В бассейне реки много промышленных объектов, которые отводят сточные воды в русловую сеть. 1 В верхнем течении вода Упы сильно загрязнена, ниже по течению — в меньшей степени. 1
• Заиливание русла. 12 Процесс в значительной мере естественный, но на локальных участках вызван и сбросами промышленных отходов. 2
• Загрязнение донных осадков токсичными тяжёлыми металлами. 12 Это связано с выбросами отходов производства машиностроительных и металлургических предприятий. 1 В отложениях ила у берегов города наблюдаются тяжёлые металлы: марганец, хром, никель, цинк и свинец, предельно допустимая концентрация которых в реке превышена в несколько раз. 1
• Загрязнение нефтепродуктами. 2 В донных осадках отмечаются признаки загрязнения в связи с использованием сельскохозяйственной техники. 2

Кроме того, при сбросе канализационных стоков идёт интенсивный рост сине-зелёных водорослей, из-за чего донные растения не выделяют кислород. 5