Преголя влияет на экологию Калининградской области, так как из-за загрязнений, которые она переносит, Калининградский залив утратил способность к самоочищению. 35
Загрязнению Преголи и других рек региона способствуют, в частности, целлюлозно-бумажные предприятия и сельское хозяйство (пастбища и места водопоя скота). 35 Это приводит к понижению концентрации кислорода в воде и обеднению флоры и фауны. 35
Однако есть и положительные моменты: например, после закрытия целлюлозно-бумажного завода в Преголи увеличилось поголовье рыбы. 2
Кроме того, на берегах Преголи и её притоков расположены крупные города Калининградской области, в том числе Калининград. 1 В устье реки находится единственный незамерзающий российский порт на Балтике. 3