Значение Алматинского заповедника для сохранения биоразнообразия заключается в том, что он поддерживает естественные экосистемы в их естественном виде. 1 Это помогает сохранять уникальную биосферу региона и давать возможность редким видам существовать в условиях, которые им наиболее подходят. 1
В заповеднике охраняются около 1000 видов высших растений, в том числе 5 эндемиков Заилийского Алатау, 16 — Северного Тянь-Шаня, 23 — Восточного и 50 — эндемиков Тянь-шаньского ареала. 3 Более 50 видов — редкие, 26 из них включены в Красную книгу Казахстана. 3
Также в заповеднике сохраняется уникальный генетический фонд: растения с полезными свойствами (кормовые, пищевые, лекарственные, декоративные и др.) и животные, имеющие ресурсное значение (объекты охоты, пушные, лекарственные и др.). 3