Значение Байкальского заповедника в сохранении биоразнообразия озера Байкал заключается в следующем:

• Охрана редких и исчезающих видов. 2 На территории заповедника и его охранной зоны встречается, например, 1169 видов высших сосудистых растений, 14 из которых включены в Красную книгу Российской Федерации и 49 — в Красную книгу Республики Бурятия. 1 Также здесь обитают такие редкие животные, как кабарга, изюбрь, чёрный аист, белоплечий орлан и другие. 3
• Научные исследования. 2 На территории заповедника проводятся многочисленные научные исследования, направленные на изучение флоры, фауны, почв, климата и других природных компонентов. 2
• Экологическое образование. 2 Заповедник является важной площадкой для экологического образования и просвещения. 2 Здесь проводятся экскурсии, лекции, семинары для школьников, студентов и широкой общественности. 2