Работа ГЭС влияет на уровень воды в Байкале, так как чем больше воды пропускается через турбины станций, тем больше воды забирается из озера. 4

После строительства Иркутской ГЭС Байкал стал частью Иркутского водохранилища, что привело к общему повышению уровня воды и изменению сезонных и многолетних колебаний. 2 Например, если раньше минимальные уровни Байкала наблюдались в апреле, то после ввода ГЭС — в основном в мае. 2 Максимальные уровни в естественных условиях достигались в сентябре, а после зарегулирования — в октябре. 2

Сброс и удержание воды, необходимые для обеспечения работы каскада гидроэлектростанций на Ангаре, также ведут к колебанию уровня воды, что негативно сказывается на экосистеме озера. 5