Для разных частей Байкало-Ленского заповедника характерны следующие типы почв:
- Северо-Прибайкальский регион (северо-западный макросклон и верховья реки Лена) — подзолистые, горно-тундровые и горные аркто-тундровые почвы. 34
- Прибрежно-байкальский регион — горно-дерновые лесные, горные подзолистые и горные аркто-тундровые почвы. 34
Все типы почв характеризуются слабой мощностью и выходом горных пород на поверхность. 3 Значительную площадь занимают территории с полным отсутствием почв: россыпи, гольцы и т. д.. 3
Также выделяют типы почв в зависимости от поясов растительности: 2
- Лесной пояс — подзолистые почвы, серые лесные, каштановые почвы, дерново-карбонатные. 2
- Субальпийский пояс — лесная дерново-перегнойная. 2
- Альпийский пояс — луговая дерново-перегнойная, подзолистая аллювиально-гумусово-железистая. 2