Байкало-Ленский заповедник считается одним из самых ценных природных объектов в регионе по нескольким причинам:
- Естественные ландшафты. 15 На территории заповедника представлены все ландшафты северного Прибайкалья: от реликтовых степей и горной лесостепи до среднегорной и горной тайги и высокогорья с гольцами, массивами кедрового стланика, горными тундрами и альпийскими лугами. 15
- Сохранение уникальных природных комплексов. 14 Здесь охраняются и изучаются типичные для региона природные комплексы, объекты и явления, в том числе сезонная концентрация бурого медведя на байкальском берегу, береговые лежбища байкальской нерпы. 1
- Резервуар ценных животных. 1 Заповедник служит местом обитания баргузинского соболя, выдры, кабарги, изюбря, дикого северного оленя и лося. 15
- Обеспечение запасов пресной воды высокого качества. 2 Территория заповедника прилегает к озеру Байкал, которое является крупнейшим резервуаром пресной воды. 2
В 1996 году Байкало-Ленский заповедник был включён в список объектов Всемирного природного наследия ЮНЕСКО. 23