В национальном парке «Алтын-Эмель» обитают 13 видов животных, которые считаются редкими, исчезающими и внесены в Красную книгу Международного Союза охраны природы (МСОП) или в Красную книгу Республики Казахстан: 14

• каменная куница; 14
• перевязка; 14
• среднеазиатская речная выдра; 14
• манул; 14
• туркменский кулан; 14
• джейран; 14
• тянь-шанский горный баран (архар); 14
• бухарский олень; 14
• азиатская широкоушка; 1
• тянь-шанский бурый медведь; 14
• туркестанская рысь; 14
• снежный барс; 14
• лошадь Пржевальского. 14