Режим реки Юкон зависит от климатических условий, в частности от таяния снега и льда в горах. 14

В июне и июле река наиболее полноводна из-за таяния снега и льда в горах. 4 После этого Юкон заметно мелеет, так как объём осадков в его бассейне достаточно низок. 1

Период ледостава продолжается с октября по май. 14 С конца XX века из-за глобальных климатических изменений речной лёд вскрывается раньше по весне, что приводит к ледяным заторам и наводнениям, особенно в районе Доусона. 1