Штольни могут негативно влиять на экосистему местности следующим образом:

• Нарушение поверхности. 1 Это происходит из-за работы карьеров, штолен и отвалов пустой породы. 1
• Загрязнение водных ресурсов. 24 Из штолен на поверхность поступают рудничные воды, которые могут попадать в реки и озёра, загрязняя их тяжёлыми металлами и соединениями серы. 14
• Негативное воздействие на растительный и животный мир. 12 Минеральная пыль, выброшенная из штолен и осевшая на листовые пластинки растений, снижает интенсивность светового потока и меняет условия их жизнеобеспечения. 2

Однако есть и положительное влияние штолен на экосистему местности: дренажные штольни могут препятствовать естественной водной эрозии сильно обводнённых склонов. 5