Влияние ондатры на экосистему водоёмов может быть разным.

С одной стороны, поедая растительность, ондатра не допускает зарастания и заиливания водоёма. 5 Если ондатры исчезают, это приводит к быстрому зарастанию водоёма и даже его полному исчезновению. 5

С другой стороны, ондатра может вызывать деградацию сообществ некоторых видов высших водных растений. 4 Например, под её влиянием сообщества кувшинки исчезают или замещаются сообществами кубышки жёлтой, рдеста плавающего, хвоща топяного. 4

При этом есть пример, когда присутствие ондатры не наносит вреда экосистеме водоёма: так, по данным исследований озера Лесного в Мурманской области, видовой состав околоводной растительности за три года сосуществования с ондатрой почти не изменился. 1