Ондатра оказывает следующее влияние на экосистему водно-болотных угодий:

• Изменения в составе растительности. 1 Ондатра уничтожает часть водно-болотной растительности, в том числе скусывает стебли тростника, камыша, рогоза и некоторых других растений в подводной части. 4 В результате кормность водоёма падает, и он на длительное время становится пригодным для обитания лишь небольшого числа этих животных. 4
• Роющая деятельность. 35 Норы ондатры пронизывают берега различных типов водоёмов, а при их создании выносятся большие объёмы почвогрунтов. 5 В результате роющая деятельность ондатры увеличивает зеркало воды, разрушает берега, вызывает обмеление озёр и приводит к снижению урожайности и ухудшению качества лугов. 3
• Влияние на другие виды. 5 Многие грызуны, насекомоядные, птицы, беспозвоночные используют убежища и кормовые столики ондатры как места пребывания, отдыха, гнездования, устройства жилищ и убежищ, добычи пищи. 5

При этом есть и положительное влияние: ондатра помогает поддерживать открытые участки на болотах, что способствует созданию среды обитания для водоплавающих птиц. 2