Микробиологические показатели помогают контролировать качество воды в водоёмах следующим образом:

• Оценивают общую бактериальную обсеменённость. 1 Общее микробное число (ОМЧ) показывает общее количество микроорганизмов, находящихся в 1 мл пробы. 1
• Выявляют степень бактериальной загрязнённости. 1 Колониеобразующие единицы (КОЕ) оценивают число живых микроорганизмов, содержащихся в определённых объёмах исследуемых проб. 1
• Определяют наличие и количество санитарно-показательных микроорганизмов. 1 Обнаружение микробов — представителей нормальной микрофлоры организма служит показателем санитарного неблагополучия и потенциальной опасности исследуемых водных объектов. 1
• Дают возможность судить о концентрации органического вещества в водоёме. 4 Общее количество водных бактерий и их морфологический состав позволяют оценить эколого-санитарное состояние водоёма. 4

Кроме того, дополнительными критериями качества воды могут служить такие свойства микроорганизмов, как способность к биопленкообразованию и антилизоцимная активность. 5