Некоторые способы, которыми люди влияют на реку Мокшу:

• Загрязнение отходами сельскохозяйственной деятельности. 4 В реку попадают минеральные удобрения, ядохимикаты, а также сточные воды животноводческих комплексов. 34 Из-за этого вода в реке содержит большое количество меди, марганца, железа и азота. 3
• Заиление реки. 4 Это приводит к подъёму уровня грунтовых вод и заболачиванию поймы, которая становится непригодной для какого-либо использования. 4
• Загрязнение бытовым мусором. 4 Населённые пункты, стоящие по берегам реки, засоряют её пластиковыми бутылками, стеклом, сорняками из огородов, отходами от сбора урожая. 4

Для улучшения экологической ситуации на реке Мокше в 2022 году в рамках федерального проекта «Сохранение уникальных водных объектов» нацпроекта «Экология» провели расчистку её русла. 5