Агрофитоценозы влияют на экологию и сельское хозяйство следующим образом:

• Для экологии чрезмерное вмешательство в природу (применение большого количества минеральных удобрений и средств защиты растений, неправильная обработка почвы) может вызвать загрязнение природы и привести к опустыниванию огромных площадей. 3
• Для сельского хозяйства развитие негативных процессов в агрофитоценозах (ветровая эрозия, пересушивание и переувлажнение почв, загрязнение почв нитратами, пестицидами, тяжёлыми металлами, потеря гумуса, нарушение нормальных биологических циклов) приводит к разрушению структуры и устойчивости почв, снижению их плодородия, загрязнению сельскохозяйственной продукции токсическими веществами, вредными для здоровья людей. 1

Однако есть и положительное влияние: агрофитоценозы могут способствовать улучшению качества зерна и сокращению его потерь от сорняков, болезней, вредителей и стрессовых погодных явлений при сохранении экологической безопасности окружающей среды, снижении ресурсных и энергетических затрат. 1