Малахит в природе образуется в зоне окисления — в коре выветривания медных руд, залегающих в известняках или доломитовых и известковых сланцах. 1

Процесс образования состоит из нескольких этапов: 2

1. Кубики пирита — наиболее распространённого сульфида железа, — растворяются под воздействием грунтовых вод. 3 В зависимости от интенсивности потоков воды горная порода насыщается разными веществами. 3 От этого зависит цвет и узор малахита. 3
2. Со временем вода обогащается серной кислотой. 3 Соединения меди превращаются в сульфат, а затем в насыщенный раствор, который просачивается в пустоты, проделанные водой в мраморе. 3 Эти пустоты называются карстами. 3 В карстах вода становится щелочной. 3
3. Под воздействием щелочной среды осаждается медь, слой за слоем образуются медные бугорки или сталактиты, а если есть центр кристаллизации, образуются лучистые конкреции. 3

В большинстве случаев залежи малахита находят вблизи от медных месторождений. 3