Заповедник Шульган-Таш уникален с точки зрения сохранения природы тем, что он сохраняет высокое биологическое и ландшафтное разнообразие. 2

Основное направление деятельности — сохранение и изучение природного комплекса широколиственных лесов Южного Урала, бурзянской бортевой пчелы и бортевого пчеловодства, а также уникального природного и культурного памятника — пещеры Шульган-Таш (Каповой) с наскальными рисунками и культурным слоем эпохи палеолита. 2

Фауна заповедника представлена более 800 видами растений, 10% из которых ботаники относят к редким, эндемичным и реликтовым. 4 Среди животных, обитающих в этих местах, — рыси, волки, лисы, медведи, лоси. 4

Сохранению природы помогло ещё и то, что люди в этих местах никогда не жили. 3 В здешние леса они ходили только за мёдом и на охоту. 3