Чем отличается префектура от других административно-территориальных единиц?

Возможно, имелись в виду различия между префектурой и другими административными единицами первого уровня, так как обычно в странах существует несколько уровней административного деления. ru.ruwiki.ru

Префектура — это одно из возможных названий таких единиц. ru.ruwiki.ru Префектуры могут быть в разных странах региональными или местными правительственными подразделениями, а также использоваться в определённых международных церковных структурах. en.wikipedia.org

Некоторые примеры использования термина «префектура» и его отличия от других единиц:

• В Японии префектура — основная административно-территориальная единица. gufo.me Каждая из них управляется префектом, у неё есть свои законодательный и административный аппараты. otvet.mail.ru
• Во Франции префектура — это столица департамента, а также обозначение офиса и резиденции префекта. en.wikipedia.org
• В Бразилии префектура — исполнительная ветвь власти каждого муниципалитета. en.wikipedia.org

Таким образом, префектура может иметь специфические особенности в зависимости от страны, где она используется как название административной единицы.