Audi S6 считается одним из самых мощных дизельных автомобилей в своём классе благодаря установке самой мощной версии 3,0-литрового дизельного двигателя V6 серии EA897. 12 Мотор выдаёт почти 350 сил и 700 Нм. 1

Для двигателя разработаны новые поршни, шатуны, коленвал и система смазки, а блок цилиндров и головки имеют отдельные контуры охлаждения. 2 Традиционному турбонаддуву помогает электрический компрессор с 7-киловаттным моторчиком, который может раскрутить крыльчатку нагнетателя до 70 тысяч об/мин. 2

Кроме того, мотор снабжён умеренной гибридной системой MHEV со стартером-генератором с ременным приводом, который рекуперирует энергию в литиевой батарее и отдаёт её на разгоне. 4