Некоторые отличия конструкции коробки передач мотоцикла «Иж Юпитер-5» от предыдущих моделей:

• Количество передач. 2 У «Иж Юпитер-5» — 5-ступенчатая механическая коробка передач: 4 передачи вперёд и 1 задняя. 1 У «Иж Юпитер-3» — 4-ступенчатая механическая. 2
• Передаточные числа. 2 У «Иж Юпитер-5» более современная передача, предназначенная для улучшения динамики и экономии топлива. 2
• Управляемость и динамика. 2 Благодаря пятой передаче «Иж Юпитер-5» имеет лучшее ускорение на низких и средних оборотах. 2

При этом коробки передач между моделями не взаимозаменяемы без модификаций и учёта совместимости. 2