ПЭП не может считаться надёжным средством цифровой подписи в следующих случаях:

• Низкий уровень защиты. 1 Код или пароль можно взломать или угадать методом подбора. 1
• Уязвимость в судебных разбирательствах. 1 Документы, подписанные ПЭП, могут быть признаны недействительными, так как невозможно доказать, что подпись оставил конкретный человек. 1
• Ограниченные возможности. 1 ПЭП подходит для совершения базовых операций, таких как авторизация на сайте, но не может использоваться для подписания важных документов. 1
• Невозможность отследить правки в документе. 4 В случае сбоя в системе или мошенничества данные, подписанные ПЭП, могут пострадать и измениться, а отследить правки невозможно. 3

Кроме того, ПЭП не позволяет подписывать документы, имеющие долговременный или постоянный срок хранения, а также документы, содержащие сведения, составляющие государственную тайну. 2