Различия между директивами AllowOverride и Options при настройке веб-сервера заключаются в их назначении:
  - AllowOverride регулирует, разрешено ли использование файла .htaccess для настройки Apache в определённом каталоге.                                                                          www.silicloud.com                       В директиве перечисляются опции управления доступом, переопределение которых в файле .htaccess разрешено.                                                                          www.htaccess.net.ru                      
- Options позволяет управлять тем, какие функции сервера доступны для использования в каталоге, указанном в секции <Directory> файла access.conf или в файле .htaccess.                                                                          www.htaccess.net.ru                       Например, разрешает переходы по символическим ссылкам, выполнение сценариев CGI и использование серверных включений (SSI).                                                                          www.htaccess.net.ru                                                                                               yapro.ru                      
Таким образом, AllowOverride определяет набор директив, допустимых в файлах .htaccess, а Options — доступные опции веб-сервера в определённом каталоге.                                                                          yapro.ru                                                                                               www.andew.ru