Различия между директивами AllowOverride и Options при настройке веб-сервера заключаются в их назначении:

1. AllowOverride регулирует, разрешено ли использование файла .htaccess для настройки Apache в определённом каталоге. 2 В директиве перечисляются опции управления доступом, переопределение которых в файле .htaccess разрешено. 1
2. Options позволяет управлять тем, какие функции сервера доступны для использования в каталоге, указанном в секции файла access.conf или в файле .htaccess. 1 Например, разрешает переходы по символическим ссылкам, выполнение сценариев CGI и использование серверных включений (SSI). 14

Таким образом, AllowOverride определяет набор директив, допустимых в файлах .htaccess, а Options — доступные опции веб-сервера в определённом каталоге. 45