Некоторые преимущества двигателя ИЖ «Юпитер-3»:

• мощность возросла более чем на 30% по сравнению с предыдущей моделью; 25
• мотоцикл стал лучше приспособлен для сельской местности и езды на низких оборотах; 25
• новая конструкция цилиндров и веерообразные рёбра на корпусе двигателя повысили эффективность охлаждения; 25
• камеры сгорания образованы двумя концентрическими сферами с центральным расположением свечи зажигания, что обеспечивало работу двигателя на прежнем сорте бензина — А-72. 3

Некоторые недостатки двигателя ИЖ «Юпитер-3»:

• контактная система зажигания была слабым местом; 2
• мотоцикл «не любил» длительной езды при полной загрузке на низких оборотах; 5
• шестивольтовое оборудование и, как следствие, тусклый свет; 5
• сложность доступа к деталям, особенно при реставрации мотоцикла максимально близко к заводскому состоянию. 5