Зейская ГЭС обеспечивает судоходство на реке Зее ниже створа станции. 3

Это происходит благодаря тому, что плотина ГЭС образует крупное Зейское водохранилище, которое создаёт глубоководный путь протяжённостью 300 км и стабильные условия плавания по нижнему бьефу на участке длиной 660 км с гарантированными глубинами до 1,5 м. 2

Кроме того, Зейская ГЭС способствует судоходству при помощи специальных судоходных попусков, например, при проводке караванов барж с оборудованием для строящегося Амурского газоперерабатывающего завода. 45