В чем разница между запуском программы через командную строку и ее запуском двойным щелчком мыши?

Возможно, имелись в виду способы запуска программ в разных контекстах.

Запуск через командную строку предполагает использование специальных команд, которые выполняются в терминале. forum.ubuntu.ru askubuntu.com Например, для запуска программы HelloWorld в командной строке нужно ввести команду ./HelloWorld. forum.ubuntu.ru

Запуск двойным щелчком мыши может работать не для всех программ. ru.stackoverflow.com forum.ubuntu.ru Например, некоторые консольные приложения, написанные на C, при запуске двойным щелчком по файлу выполняются, но их консольное окно сразу сворачивается. ru.stackoverflow.com

Таким образом, разница заключается в том, что при запуске через командную строку используются специальные команды, а при запуске двойным щелчком мыши — определённый способ взаимодействия с программой, который может не подходить для некоторых приложений.