Возможно, имелись в виду способы запуска программ в разных контекстах.

Запуск через командную строку предполагает использование специальных команд, которые выполняются в терминале. 34 Например, для запуска программы HelloWorld в командной строке нужно ввести команду ./HelloWorld. 3

Запуск двойным щелчком мыши может работать не для всех программ. 23 Например, некоторые консольные приложения, написанные на C, при запуске двойным щелчком по файлу выполняются, но их консольное окно сразу сворачивается. 2

Таким образом, разница заключается в том, что при запуске через командную строку используются специальные команды, а при запуске двойным щелчком мыши — определённый способ взаимодействия с программой, который может не подходить для некоторых приложений.