Разница между загрузочными и файловыми вирусами заключается в месте обитания и способе распространения. 34

Файловые вирусы внедряются в файлы типа *.exe, проникают в оперативную память компьютера, заражают другие файлы и передают управление программе-носителю. 3 Такие вирусы становятся частью программы: стоит только её открыть — и компьютер заражён. 5 Однако стоит только выключить устройство или перезагрузить систему, и вирус перестаёт существовать. 5

Загрузочные вирусы инфицируют жёсткий диск и другие загрузочные области компьютера. 3 При этом они могут заразить систему ещё до того, как операционная система начнёт загружаться. 3 Загрузочные вирусы начинают работу при загрузке компьютера и обычно становятся резидентными (постоянно хранящимися во время работы в оперативной памяти). 4 Как правило, такие вирусы состоят из двух частей, поскольку загрузочная запись имеет небольшой размер и в ней трудно разместить целиком программу вируса. 4

На практике существуют разнообразные сочетания вирусов — например, файлово-загрузочные вирусы, заражающие как файлы, так и загрузочные сектора дисков. 4