В чем разница между всплывающими окнами и PopUp-окнами в браузерах?

Возможно, имелись в виду понятия «всплывающие окна» и «поп-ап-окна» (англ. pop-up). ru.wikipedia.org bitagency.ru

Всплывающие окна — это окна, которые открываются на экране компьютера в результате выполнения какой-либо операции. ru.wikipedia.org Многие веб-приложения используют такие окна для отображения справочной информации, диалоговых окон и других элементов пользовательского интерфейса. ru.wikipedia.org

Поп-ап-окна — это вид рекламы, который появляется неожиданно в определённый момент просмотра страницы. vc.ru bitagency.ru Такие окна могут предлагать пользователю подписаться на рассылку, забрать бесплатный материал, рассказать про акции и скидки или просто сообщить важную информацию. vc.ru

Таким образом, разница между понятиями в том, что всплывающие окна — более общее понятие, а поп-ап-окна — один из видов всплывающих окон, который используется для рекламы.