Разница между утилитами timedatectl и chrony для синхронизации времени в Linux заключается в их функциях и областях применения.

timedatectl — клиентская служба, которая встроена непосредственно в ОС. 4 Она предназначена для использования только на клиентских ОС и не может работать сервером точного времени. 4 Утилита поддерживает только упрощённый протокол передачи времени, но считается более современным вариантом для типичных клиентских применений. 4 С помощью timedatectl можно настроить часы реального времени, системные часы и часовой пояс. 1

Chrony — серверная служба, которая рекомендована для использования в качестве серверной службы времени. 4 В отличие от службы ntp, chrony не прекращает свою работу, обнаружив слишком большое отклонение времени, а пытается исправить ситуацию. 4 Сервис быстрее выполняет синхронизацию и работает в ситуациях, когда IP-порт 123 закрыт для исходящих запросов. 4 Chrony используется для синхронизации времени с сервером NTP, GPS или вручную, с помощью наручных часов. 5

Таким образом, timedatectl больше подходит для клиентских задач, а chrony — для серверных.