Разница между Thunderbolt 3 и PCIe 3.0 для подключения внешних видеокарт заключается в их характеристиках и возможностях:

• Thunderbolt 3 обеспечивает пропускную способность до 40 Гбит/с в каждую сторону. 13 Стандарт допускает подключение как по двум линиям PCIe, так и по четырём, что даёт скорости 16 Гбит/с и 32 Гбит/с соответственно. 2
• PCIe 3.0 обеспечивает более высокую пропускную способность — до 128 Гбит/с. 2 Этот стандарт подходит для устройств с процессорами Intel Core с 6-го по 10-е поколение включительно либо AMD Ryzen серий 2000 — 5000. 5

Таким образом, выбор между Thunderbolt 3 и PCIe 3.0 зависит от конкретных требований к пропускной способности и совместимости с устройством.