Разница между тегами header и section при создании верхней части сайта заключается в их назначении:

• Тег header используется для разметки верхней секции сайта, в которой могут располагаться логотипы, блоки поиска и другие элементы вводной части. 3 Также его можно добавлять внутрь элементов section, article, main, aside, и он будет описывать вступительную информацию этого элемента. 1
• Тег section применяется для группировки тематически связанных блоков. 3 Он может разделять страницу на несколько тематических областей (например, выделить и обособить от шапки и подвала центральную часть с контентом и сайдбаром) или разделять на отдельные секции (параграфы) непосредственно статью на странице. 2

Таким образом, header используется для вводной информации, а section — для отдельных блоков. 3